O ano 2000 marcou um momento decisivo na trajetória da instituição. Em Assembleia Geral, foram eleitos um novo Conselho Deliberativo e uma nova diretoria, que passaram a conduzir os rumos da Gota de Leite, inaugurando uma nova fase administrativa e institucional.
Pela primeira vez na história da entidade, pais de alunos e funcionários participaram ativamente do processo eleitoral, ampliando a representatividade e fortalecendo a gestão participativa. Esse movimento simbolizou um avanço na democratização interna e reafirmou o compromisso da instituição com a transparência, o diálogo e o envolvimento da comunidade em suas decisões.